Nah untuk menghilangkan ternyata mudah, pada direktori CI terluar (ingat yang paling luar) tambahkan file .htaccess, jika kesulitan membuat file .htaccess maka copy saja dari file .htaccess yang ada, kemudian letakkan di folder terluar (jangan mengubah .htaccess yang ada di folder system, application dll).
Kemudian file .htaccess di direktori terluar tersebut, buka dengan notepad, isikan dengan setting berikut :
RewriteEngine on
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule .* index.php/$0 [PT,L]
Simpan, kemudian seharusnya sudah bisa memanggil web CI dengan URL langsung tanpa index.php, misal : http://localhost/ci/welcome.
Semoga berguna.